Logo de l'E.N.T. Alsace
Thèses électroniques Service Commun de la documentation
Logo de l'Université de Strasbourg
Thèses et Mémoire de l'Université de Strasbourg

Development and applications of an integrated bioinformatics approach for promoter analysis

LARDENOIS, Aurélie (2006) Development and applications of an integrated bioinformatics approach for promoter analysis. Thèses de doctorat, Université Louis Pasteur.

Plein texte disponible en tant que :

PDF - Un observateur de PDF est nécessaire, comme par exemple GSview, Xpdf or Adobe Acrobat Reader
23397 Kb

Résumé

L’accumulation exponentielle de données expérimentales générées par les technologies à haut débit a considérablement favorisé l’analyse bioinformatique des séquences promotrices. A ce jour, des approches bioinformatiques ont été utilisées par les biologistes afin de faciliter l’identification des motifs de régulation dans les régions promotrices avant d’entreprendre des caractérisations biochimiques onéreuses en temps. Cependant, l’émergence d’une quantité colossale de données expérimentales, de programmes de prédiction et de méthodes complémentaires souligne l’absolue nécessité de développer des approches intégratives afin d’améliorer l’analyse des promoteurs assistée par ordinateur. Dans ce contexte, nous avons développé PromAn, un outil polyvalent et intégratif qui offre un panel de modules couvrant une grande partie des approches utilisées dans le domaine de l’analyse des promoteurs. Le programme ne requiert aucune connaissance préalable sur la séquence génomique à étudier et inclut une évaluation de la conservation au cours de l’évolution des régions promotrices, une validation des sites d’initiation de la transcription ainsi qu’une prédiction des sites de fixation de facteurs de transcription potentiellement actifs. PromAn implémente deux versions semi-automatiques (en local et sur un serveur web) ainsi qu’une version automatisée dédiée aux analyses à haut débit et utilisée en étroite conjonction avec des groupes de gènes potentiellement co-régulés. Dans le cadre de nombreuses collaborations avec divers groupes de recherche, l’efficacité de PromAn a pu être démontrée en étroite synergie avec des validations expérimentales afin de localiser et d’identifier les sites de fixation de facteurs de transcription biologiquement actifs. La version automatisée de PromAn dédiée à l’analyse à haut débit facilitera la compréhension de réseaux de régulations complexes et surtout leurs impacts sur la santé et les maladies humaines.

Type d'EPrint:Thèse de doctorat
Mots-clés libres:analyse de promoteurs à haut-débit, conservation des regions promotrices chez les mammifères, PromAn, GOAnno
Sujets:CL Classification > DDC Dewey Decimal Classification > 500 Sciences de la nature et mathématiques > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 572 Biochimie > 572.8 Génétique biochimique
Classification Thèses Unistra > Santé > Sciences de la vie, biologie, biochimie > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 572 Biochimie > 572.8 Génétique biochimique

UNERA Classification UNERA > DISC Discipline UNERA > DISC-16 Sciences de la vie et de la santé, psychologie
UNERA Classification UNERA > ACT Domaine d'activité UNERA > ACT-2 Bio-industries, biotechnologies
Code ID:1217
Déposé le :26 Janvier 2007

Administrateurs de l'archive uniquement : éditer cet enregistrement