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Thèses et Mémoire de l'Université de Strasbourg

Développement d’une suite logicielle pour l’analyse et l’annotation intégrative automatiques de transcrits et de protéines. Application aux banques d’ADNc de l’annélide polychète Alvinella pompejana

GAGNIÈRE, Nicolas (2009) Développement d’une suite logicielle pour l’analyse et l’annotation intégrative automatiques de transcrits et de protéines. Application aux banques d’ADNc de l’annélide polychète Alvinella pompejana. Thèses de doctorat, Université de Strasbourg.

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Résumé

Les travaux présentés dans cette thèse s’inscrivent dans le cadre de la génomique à haut-débit, et tout particulièrement l’analyse de séquences d’Expressed Sequence Tags (EST). Les efforts mis en oeuvre ont abouti à la réalisation d’une suite logicielle permettant de gérer une cascade de traitements modulaires. Cette cascade inclut une première phase de prétraitements et d’assemblage visant à améliorer la qualité initiale des EST, qui sont ensuite traduits en séquences protéiques grâce à une combinaison d’approches. La dernière phase consiste en une annotation intégrative des protéines dont l’originalité repose sur l’exploitation du contexte évolutif grâce à l’alignement multiple. La protéine est ensuite replacée au sein de ses réseaux fonctionnels. Les résultats générés sont accessibles via plusieurs interfaces originales de recherche et de visualisation conçues au cours de cette thèse. Les outils développés ont été utilisés pour analyser différentes collections d’EST et de protéines procaryotes et eucaryotes. Ils ont notamment permis l’exploitation de 100 000 séquences de transcrits d’Alvinella pompejana, un Annélide polychète thermotolérant, endémique des sources hydrothermales. Les études comparatives réalisées ont mis en évidence l’importance des gènes impliqués dans l’adaptation au stress oxydatif et à l’hypoxie chez Alvinella ainsi qu’un enrichissement des protéines en acides aminés chargés positivement qui pourrait participer à la thermotolérance de ce ver. Enfin, nos travaux ont révélé l’origine ancestrale de nombreux gènes jusqu’à présent considérés comme spécifiques des Deutérostomes, modifiant ainsi notre vision de l’évolution des Métazoaires.

Type d'EPrint:Thèse de doctorat
Discipline de la thèse / mémoire / rapport :Sciences du vivant. Bioinformatique
Sujets:CL Classification > DDC Dewey Decimal Classification > 500 Sciences de la nature et mathématiques > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 572 Biochimie > 572.8 Génétique biochimique
Classification Thèses Unistra > Santé > Sciences de la vie, biologie, biochimie > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 572 Biochimie > 572.8 Génétique biochimique

CL Classification > DDC Dewey Decimal Classification > 600 Technologie (sciences appliquées) > 660 Génie chimique, technologies alimentaires > 660.6 Biotechnologie > 660.65 Génie génétique
Classification Thèses Unistra > Sciences, technologies > Sciences appliquées > 660 Génie chimique, technologies alimentaires > 660.6 Biotechnologie > 660.65 Génie génétique

UNERA Classification UNERA > DISC Discipline UNERA > DISC-16 Sciences de la vie et de la santé, psychologie
UNERA Classification UNERA > ACT Domaine d'activité UNERA > ACT-2 Bio-industries, biotechnologies
CL Classification > DDC Dewey Decimal Classification > 600 Technologie (sciences appliquées) > 660 Génie chimique, technologies alimentaires > 660.6 Biotechnologie > 660.63 Génie biochimique
Classification Thèses Unistra > Sciences, technologies > Sciences appliquées > 660 Génie chimique, technologies alimentaires > 660.6 Biotechnologie > 660.63 Génie biochimique
Code ID:1814
Déposé le :04 Juin 2010

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