Logo de l'E.N.T. Alsace
Thèses électroniques Service Commun de la documentation
Logo de l'Université de Strasbourg
Thèses et Mémoire de l'Université de Strasbourg

Étude de la reconnaissance de ligands ecdysteroides par le récepteur nucléaire à l'ecdysone

FERRARIO, Maria Giovanna (2010) Étude de la reconnaissance de ligands ecdysteroides par le récepteur nucléaire à l'ecdysone. Thèses de doctorat, Université de Strasbourg.

Plein texte disponible en tant que :

PDF - Utilisateurs enregistrés uniquement - Un observateur de PDF est nécessaire, comme par exemple GSview, Xpdf or Adobe Acrobat Reader
11054 Kb

Résumé

La formation de complexes moléculaires est centrale dans tous les processus biologiques. Les méthodes in silico de conception de ligands qui combinent l'information structurale sur la cible biologique avec les principes physiques de la reconnaissance moléculaire contribue à l'identification et à l'optimisation de molécules actives. Nous avons étudié la reconnaissance ligand-récepteur dans un système bien caractérisé du point de vue structural et thermodynamique: le Récepteur à l'Ecdysone. Nous avons choisi six ligands ecdystéroïdiens, caractérisés par une structure très similaire, mais des différences d'affinité de liaison assez importantes. Les ligands ne diffèrent que par le nombre et la position des groupements hydroxyles sur une chaîne alkyle portée par le squelette stéroïde. Nous avons développé et validé un champ de force classique pour les ligands et nous les avons employé dans des simulations de dynamique moléculaire, qui ont été analysée par la méthode de la décomposition de l'énergie libre pour étudier la régulation de l'affinité de liaison dans cette classe de ligands. Nos calculs, comparés avec des données thermodynamiques expérimentales, montrent que la désolvatation du ligand joue un rôle essentiel dans la régulation de l'affinité de liaison. En particulier, le motif 1,2-diol régule finement la formation du complexe grâce à un effet combiné de la désolvatation et de la stabilisation interne au ligand. En outre, nos données montrent une flexibilité importante des ligands dans la poche de liaison, ce qui questionne les modèles habituels de coût entropique à la complexation. Ces résultats ont des implications générales pour la régulation de l'affinité de liaison.

Type d'EPrint:Thèse de doctorat
Discipline de la thèse / mémoire / rapport :Sciences du vivant. Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Mots-clés libres:récepteur nucléaire ; reconnaissance moléculaire ; affinité de liaison ; dynamique moléculaire ; énergie libre d'interaction ; récepteur à l'ecdysone
Sujets:CL Classification > DDC Dewey Decimal Classification > 500 Sciences de la nature et mathématiques > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 572 Biochimie > 572.8 Génétique biochimique
Classification Thèses Unistra > Santé > Sciences de la vie, biologie, biochimie > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 572 Biochimie > 572.8 Génétique biochimique

UNERA Classification UNERA > ACT Domaine d'activité UNERA > ACT-5 Santé, industrie du médicament, cosmétique
UNERA Classification UNERA > DISC Discipline UNERA > DISC-16 Sciences de la vie et de la santé, psychologie
Code ID:1935
Déposé le :11 Janvier 2011

Administrateurs de l'archive uniquement : éditer cet enregistrement