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Thèses et Mémoire de l'Université de Strasbourg

Nouvelles méthodologies protéomiques d’aide à l’annotation des génomes et à la validation des séquences protéiques

GALLIEN, Sébastien (2009) Nouvelles méthodologies protéomiques d’aide à l’annotation des génomes et à la validation des séquences protéiques. Thèses de doctorat, Université de Strasbourg.

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Résumé

Ces dernières années, l’analyse protéomique par spectrométrie de masse a considérablement progressé grâce à des développements technologiques jusqu’à devenir la méthode de choix pour l’étude des protéines. Les domaines d’application de la protéomique sont aujourd’hui très vastes et parmi ceux-ci un nouveau domaine est en pleine émergence : la protéogénomique dans laquelle la protéomique sert directement d’outil d’aide à l’annotation génomique. L’objectif principal de ce travail de thèse était de développer de nouvelles approches de protéogénomique basées sur les méthodologies de la protéomique pour améliorer la qualité des banques de séquences protéiques disponibles pour la communauté scientifique. Pour atteindre cet objectif, nous avons notamment développé : 1-Une nouvelle stratégie pour améliorer la détermination des peptides N-terminaux des protéines (stratégie N-TOP) afin de faciliter l’identification des codons d’initiation des protéines qui représente sans doute un des plus grands défis de l’annotation génomique. 2-Des stratégies optimisées de recherche de données MS/MS dans les banques de séquences (génomiques ou protéiques) pour faciliter la mise en évidence d’erreurs dans les banques protéiques générées par prédiction in silico. Ces stratégies ont pu être appliquées avec succès dans le cadre de différentes études en permettant d’améliorer la qualité des banques protéiques La stratégie N-TOP a également ouvert d’autres perspectives dans deux grands champs très important de la protéomique : la caractérisation des phosphorylations des protéines et la protéomique quantitative.

Type d'EPrint:Thèse de doctorat
Discipline de la thèse / mémoire / rapport :Chimie
Mots-clés libres:protéogénomique ; peptides N-terminaux ; N-TOP ; TMPP ; protéomique ; spectrométrie de masse ; phosphorylation ; quantification
Sujets:CL Classification > DDC Dewey Decimal Classification > 600 Technologie (sciences appliquées) > 610 Médecine et santé > 612 Physiologie humaine > 612.01 Biophysique et biochimie
Classification Thèses Unistra > Santé > Médecine et odontologie > 610 Médecine et santé > 612 Physiologie humaine > 612.01 Biophysique et biochimie

CL Classification > DDC Dewey Decimal Classification > 500 Sciences de la nature et mathématiques > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 572 Biochimie > 572.8 Génétique biochimique
Classification Thèses Unistra > Santé > Sciences de la vie, biologie, biochimie > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 572 Biochimie > 572.8 Génétique biochimique

UNERA Classification UNERA > ACT Domaine d'activité UNERA > ACT-5 Santé, industrie du médicament, cosmétique
UNERA Classification UNERA > DISC Discipline UNERA > DISC-20 Physique, chimie, matériaux
Code ID:1936
Déposé le :11 Janvier 2011

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