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Thèses et Mémoire de l'Université de Strasbourg

Analyse intégrative des données structurales et reconnaissance de forme : application à la régulation de la transcription eucaryote

ALBOU, Laurent-Philippe (2010) Analyse intégrative des données structurales et reconnaissance de forme : application à la régulation de la transcription eucaryote. Thèses de doctorat, Université de Strasbourg.

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Résumé

En 5 ans, les projets internationaux de Biologie et Génomique Structurales ont doublé le nombre de structures moléculaires disponibles dans la Protein Data Bank. Au cours de cette thèse, j’ai développé des approches de Bioinformatique Structurale permettant l’analyse intégrative de ces données pour mieux décrire les mécanismes moléculaires d’interactions. Nous avons montré, qu’en moyenne, 44% de la surface protéique est impliquée dans des interactions avec des molécules autres que solvants et ions, et que, si près de 86% de la surface des protéines peut être hydratée transitoirement, seule 15% l’est de façon spécifique. En différenciant tous les types de sites de liaisons (protéine, ADN, ARN, ligand…) de chaque protéine, nous avons montré l’existence de recouvrements entre ces régions. Cette observation a conduit à la définition de deux grandes familles de sites de liaisons: des sites spécifiques, capables de ne lier d’un seul type de molécule, et des sites polyvalents, capables de lier au moins deux types différents de molécules. Les sites de liaisons spécifiques diffèrent grandement des sites de liaisons polyvalents, notamment en termes d’hydrophobicité. Les sites spécifiques pourraient être l’indicateur d’interactions fortes voir permanentes. L’analyse rapide et systématique des surfaces moléculaires a également requis le développement d’approches géométriques avancées, mettant en œuvre les formes alphas, pour permettre la construction de régions contiguës et la définition de courbures locales. Le criblage des régions contiguës, tout comme un blast mais pour la comparaison de régions 3D locales, ouvre la voie à de nombreuses applications biologiques et pharmaceutiques.

Type d'EPrint:Thèse de doctorat
Discipline de la thèse / mémoire / rapport :Sciences du Vivant et de la Santé. Bioinformatique Structurale
Mots-clés libres:bioinformatique ; structure ; interaction ; forme alpha ; cartographie moléculaire ; région ; criblage ; récepteur nucléaire
Sujets:CL Classification > DDC Dewey Decimal Classification > 500 Sciences de la nature et mathématiques > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 571 Physiologie et sujets voisins > 571.6 Biologie cellulaire
Classification Thèses Unistra > Santé > Sciences de la vie, biologie, biochimie > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 571 Physiologie et sujets voisins > 571.6 Biologie cellulaire

CL Classification > DDC Dewey Decimal Classification > 500 Sciences de la nature et mathématiques > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 570.1 Physiologie, théories > 570.15 Sciences, techniques et mathématiques appliquées à la biologie
Classification Thèses Unistra > Santé > Sciences de la vie, biologie, biochimie > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 570.1 Physiologie, théories > 570.15 Sciences, techniques et mathématiques appliquées à la biologie

CL Classification > DDC Dewey Decimal Classification > 500 Sciences de la nature et mathématiques > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 572 Biochimie > 572.6 Protéines
Classification Thèses Unistra > Santé > Sciences de la vie, biologie, biochimie > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 572 Biochimie > 572.6 Protéines

UNERA Classification UNERA > DISC Discipline UNERA > DISC-16 Sciences de la vie et de la santé, psychologie
UNERA Classification UNERA > ACT Domaine d'activité UNERA > ACT-2 Bio-industries, biotechnologies
Code ID:2134
Déposé le :17 Juin 2011

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