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Thèses et Mémoire de l'Université de Strasbourg

Génomique fonctionnelle de micro-eucaryotes bio-indicateurs d'environnements exposés aux drainages miniers acides

HALTER, David (2011) Génomique fonctionnelle de micro-eucaryotes bio-indicateurs d'environnements exposés aux drainages miniers acides. Thèses de doctorat, Université de Strasbourg.

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Résumé

Les exploitations minières conduisent à une accumulation importante de roches sous forme de stériles miniers qui, au contact de l’air, s’oxydent et libèrent les métaux lourds et des métalloïdes auxquels ils sont associés. Ce processus, connu sous le nom de drainages miniers acides (DMA), conduit à des catastrophes écologiques dans les écosystèmes en aval. Seul certains organismes microbiens sont capables de contrer ces conditions de vie extrêmes et peuvent affecter l’évolution de ces sites. L’objectif de cette thèse est d’étudier in situ la communauté microbienne associée au DMA de Carnoulès (Gard, France). Pour cela, les communautés bactériennes et eucaryotes ont été récupérées par gradient de densité, permettant de contourner les étapes de culture in vitro préjudiciables à la compréhension des mécanismes en œuvres in situ. L’étude de la communauté bactérienne par des approches de méta-génomique, méta-protéomique et de RT-PCR a révélé la présence de 7 espèces majoritaires dont 5 correspondent à des organismes non cultivés et permet de modéliser les processus de bio-atténuation observés sur ce site. Par ailleurs, des interactions trophiques ont été mises en évidences. Ainsi, le rôle du protiste Euglena mutabilis dans la production primaire a été souligné par des approches de protéomique et métabolomique. Enfin, les processus adaptatifs permettant à ce protiste d’évoluer sur ce site riche en arsenic ont été analysés in vitro par une étude comparative avec l’organisme modèle E. gracilis, non retrouvé dans les DMA. Cette étude, basée sur des approches de transcriptomique différentielle a souligné des adaptations fonctionnelles originales pour pallier les stress liés aux DMA.

Type d'EPrint:Thèse de doctorat
Discipline de la thèse / mémoire / rapport :Sciences du vivant. Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Mots-clés libres:AMD ; Euglena ; transcriptomic ; metagenomic ; proteomic ; arsenic ; environmental microbiology ; metabolomic
Sujets:CL Classification > DDC Dewey Decimal Classification > 500 Sciences de la nature et mathématiques > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 572 Biochimie > 572.8 Génétique biochimique
Classification Thèses Unistra > Santé > Sciences de la vie, biologie, biochimie > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 572 Biochimie > 572.8 Génétique biochimique

UNERA Classification UNERA > ACT Domaine d'activité UNERA > ACT-5 Santé, industrie du médicament, cosmétique
CL Classification > DDC Dewey Decimal Classification > 500 Sciences de la nature et mathématiques > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 579 Micro-organismes, champignons, algues
Classification Thèses Unistra > Santé > Sciences de la vie, biologie, biochimie > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 579 Micro-organismes, champignons, algues

UNERA Classification UNERA > DISC Discipline UNERA > DISC-16 Sciences de la vie et de la santé, psychologie
Code ID:2293
Déposé le :15 Décembre 2011

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