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Thèses et Mémoire de l'Université de Strasbourg

Analyse du core-TFIIH par des approches expérimentales, bio-informatiques et de génomiques comparatives

BEDEZ, Florence (2009) Analyse du core-TFIIH par des approches expérimentales, bio-informatiques et de génomiques comparatives. Thèses de doctorat, Université de Strasbourg.

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Résumé

Le facteur TFIIH est impliqué dans le cycle cellulaire, la réparation de l’ADN et la transcription. Il s’organise en 2 sous complexes, le CAK et le core. Au cours de l’élongation de la transcription, il phosphoryle notamment le domaine C-terminal de la POLII sur la sérine 5 et 7 permettant le recrutement des protéines impliquées dans la maturation des ARNm et des snRNA. Au cours de ce travail; nous avons mené des études expérimentales afin d’identifier les partenaires du core et de cartographier les interactions protéiques au sein du core. La purification du core endogène a nécessité la mise en place de la méthodologie TAP-TAG et indiquent des résultats prometteurs. Les études d’interaction mettent en évidence le rôle du C-terminal de p34 dans l’intégrité du core. L’étude bioonformatique a consisté à établir le bilan présence absence des sous unités du core chez 65 eucaryotes ainsi que les alignements de séquences complètes (MACS) pour chaque sous unité. Les résultats montrent une conservation du core chez les eucaryotes à l’exception de certains protistes. Les MACS révèlent la perte du domaine PH de p62 chez E.histolytica, et une forte divergence des séquences p34 chez les Euglenozoae. Afin de proposer un rôle biologique pour p62 et p34, nous avons choisi la méthode des profils phylogénétiques. Pour p62, les résultats suggèrent un lien fonctionnel entre le domaine PH et l’activation transcriptionnelle via la modification des histones par Bre1 et Set1. Pour p34, un tiers des protéines présentant un profil similaire à p34 sont impliquées dans l’épissage et l’addition de la coiffe suggérant un lien fonctionnel entre le core et la maturation des ARNm.

Type d'EPrint:Thèse de doctorat
Informations complémentaires:Discipline : sciences du vivant spécialité : aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Discipline de la thèse / mémoire / rapport :Sciences du vivant. Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Mots-clés libres:TFIIH ; bioinformatique ; génomique comparative ; ubiquitination ; profil phylogénétique ; purification d’affinité en tandem ; p62 ; p34
Sujets:CL Classification > DDC Dewey Decimal Classification > 500 Sciences de la nature et mathématiques > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 572 Biochimie > 572.8 Génétique biochimique
Classification Thèses Unistra > Santé > Sciences de la vie, biologie, biochimie > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 572 Biochimie > 572.8 Génétique biochimique

UNERA Classification UNERA > ACT Domaine d'activité UNERA > ACT-5 Santé, industrie du médicament, cosmétique
UNERA Classification UNERA > DISC Discipline UNERA > DISC-16 Sciences de la vie et de la santé, psychologie
Code ID:754
Déposé le :15 Décembre 2010

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