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Thèses et Mémoire de l'Université de Strasbourg

Sélection et analyse de remaniements chromosomiques chez Saccharomyces cerevisiae en contexte diploïde : origine des délétions et des translocations réciproques

TOURRETTE, Yves (2004) Sélection et analyse de remaniements chromosomiques chez Saccharomyces cerevisiae en contexte diploïde : origine des délétions et des translocations réciproques. Thèses de doctorat, Université Louis Pasteur.

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Résumé

Les réarrangements chromosomiques de type translocation, délétion et duplication de séquences sont un moteur essentiel de l'évolution des génomes eucaryotes, mais sont également impliqués dans le phénomène d'oncogenèse chez les eucaryotes supérieurs pluricellulaires. Pour les étudier, nous utilisons un crible de sélection positive en contexte diploïde chez un organisme modèle, la levure hémiascomycète Saccharomyces cerevisiae . Nous avons isolé 39 révertants diploïdes dont certains contiennent des duplications intra ou interchromosomiques ou bien des délétions, événements déjà observés en phase haploïde. Nous avons également isolé d'autres réarrangements spécifiques du contexte diploïde : une délétion segmentale de 128,3 kb, une délétion homozygote, une translocation réciproque et une délétiontranslocation réciproque. L'analyse génétique a montré que 15 événements provoquent un caractère létal à l'état haploïde. En phase diploïde nous pouvons donc observer des événements variés et complexes dont certains sont impossibles à observer en phase haploïde. L'analyse des jonctions des délétions a permis de caractériser trois classes en fonction des séquences en répétition directe (microhomologies) qui se trouvaient aux bornes de la région délétée : la classe I présente des microhomologies de 8 à 13 bp, la classe II ne possède aucune séquence de ce type et la classe III, spécifique du contexte diploïde, montre des microhomologies de 1 à 4 bp. Les mêmes types de séquences sont trouvées aux jonctions des translocations réciproques. Ces résultats suggèrent un mécanisme de recombinaison entre courtes séquences en répétition directe dans la genèse des délétions et des translocations réciproques. Nous avons ensuite étudié l'implication du NHEJ et de la recombinaison homologue dans l'apparition de ces événements. Ceci nous a conduit à l'hypothèse d'un mécanisme, RAD52 - indépendant, mais dépendant de la voie de la recombinaison homologue pour les délétions de classe I. Genomic rearrangements such as chromosomal translocation, deletion and duplication are essential for evolution of eukaryotes genomes, but are also involved in oncogenesis phenomena in pluricellular organisms. In order to study these events, we use a positive selection screen in a diploid context with the hemiascomycet yeast model Saccharomyces cerevisiae . We obtained 39 diploid revertants containing intra- or interchromosomal duplications or deletions, events ever observed in haploids. We have also selected other rearrangements that are specific to diploids: a 128,3 kb segmental deletion, a homozygous deletion, a reciprocal translocation and a deletion-reciprocal translocation. The genetic analysis has shown that 15 events induce a lethal character in haploid context. The diploid state allow us to observe different and complex events which can't be observed in haploid context. The analysis of deletions allowed us to characterize three classes of deletions depending on short DNA direct repeats (microhomologies) that are located on the junctions of the deleted regions: the class I shares 8 to 13 bp long microhomologies, the class II doesn't have this type of sequences and the class III, that is diploid specific, shows the presence of 1 to 4 bp long microhomologies. The same types of sequences are found to the junctions of reciprocal translocations. These results suggest a recombination mechanism between short DNA direct repeats in the occurence of deletions and reciprocal translocations. Finally, we have tested the involvement of the NHEJ and the homologous recombination pathways in the appearance of these events. According to the results, we conclude that the class I deletions, are produced by a RAD52 -independent mechanism, but are dependent of the homologous recombination pathway.

Type d'EPrint:Thèse de doctorat
Mots-clés libres:Saccharomyces cerevisiae , remaniements chromosomiques, diploïde, délétion, translocation réciproque
Sujets:CL Classification > DDC Dewey Decimal Classification > 500 Sciences de la nature et mathématiques > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 576 Génétique et évolution > 576.5 Génétique
Classification Thèses Unistra > Santé > Sciences de la vie, biologie, biochimie > 570 Sciences de la vie. Biologie. Biochimie > 576 Génétique et évolution > 576.5 Génétique

UNERA Classification UNERA > ACT Domaine d'activité UNERA > ACT-2 Bio-industries, biotechnologies
UNERA Classification UNERA > DISC Discipline UNERA > DISC-16 Sciences de la vie et de la santé, psychologie
Code ID:918
Déposé le :07 Mars 2005

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